Для меліорованої площі системи вирішується питання організації Управління меліоративних системи (УМС) та його структурних підрозділів. Система ділиться на експлуатаційні та гідротехнічні дільниці (ЕД, ГД). Кількість ЕД встановлюється із розрахунку обслуговування однією дільницею 10…15 тис. гектарів фізичної площі, а ГД – 3…5 тис. га, з урахуванням зручності управління і обслуговування осушувально-зволожувальної мережі. Пункти розміщення контор ЕД визначаються з умов зручності керівництва та проведення експлуатаційних та ремонтних робіт на системі (рис.2.1).